Grand Blue cuenta la historia de Kitahara Iori, quien tras mudarse a una ciudad costera para comenzar su vidad Universitaria soñada, llena de buenos amigos y bellas chicas. Pero al entrar a la tienda de su tio, se encuentra con un grupo de estudiantes en pleno festival de la bebida, quienes lo "persuaden de forma amistosa" para que se una al club de Buceo. Iori rápidamente "se rinde" y sin darse cuenta termina formando parte del mismo. A pesar de ello, nuestro protagonista promete darse cuenta de su vida universitaria ideal, pero las cosas no siempre irán de acuerdo al plan ya que siempre existe otra intromisión llena de alcohol y juegos bizarros...